三峡生态环境研究所主要面向三峡库区生态环境建设与保护重大需求，以及重庆高速工业化、快速城镇化发展所产生的污染和排放治理需求，集成研发环境防治技术、装备与管理系统，分为环境微生物与生态、环境友好化学过程、膜技术及应用、生态过程与重建、水污染过程与治理、页岩气开发技术6个研究方向。

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