重庆研究院三峡生态环境研究所专门针对大型水库的生态环境和污染治理，开展相关的科学研究、技术开发、平台建设和人才培养。目前，已有水污染过程与控制研究中心、环境友好化学过程研究中心、生态过程与重建研究中心、环境微生物与生态研究中心、膜技术与应用研究中心、环境健康研究中心、大气环境研究中心等8个领域研究中心。已有环境领域相关研究人员70余名，拥有研究员7名，副研究员5名，博士学位获得者30余名的研究团队。现有环境科学与工程一级学科博士点，市政工程、环境工程和环境科学3个二级学科博士点和3个二级学科硕士点。 

　　目前，三峡生态环境研究所就环境化学、环境生物学、环境毒理学、污染生态学、以及污染控制治理等学科进行综合研究，并先后建成包括 “中科院水库水环境重点实验室”、“重庆市三峡库区水质保障工程技术研究中心”在内的多个具有国内先进水平的相关实验室、工程中心。建成“三峡次生湿地生态研究站”、“永川垃圾渗滤液达标排放技术示范基地”等野外基站。具有成套的生态环境科学研究仪器设备及良好的配套设施，其中大型仪器及试验台价值2500多万元。三峡生态环境研究所在培养和引进学术带头人和研究生培养方面采取一系列有针对性措施，取得富有成效成绩，近年来先后承担了重庆市科技攻关、重庆市121示范工程、西部行动计划、三峡后续规划等项目，牵头启动了国家水专项、国家科技部重大民生科技项目、国家科技支撑计划等项目。