中国科学院水库水环境重点实验室筹建于2012年，于2016年通过中国科学院验收。实验室依托中国科学院重庆绿色智能技术研究院(以下简称“重庆研究院”)建设，以重庆研究院三峡生态环境研究所为主体，整合了电子信息技术研究所和智能制造技术研究所的相关力量和资源。实验室担负着重庆研究院“一三五”规划中三个重大突破之一——“绿色三峡”的研究任务，代表着研究院的特色研究方向和核心竞争力。

　　实验室的科学定位：聚焦长江上游大型水库群的生态环境演变，开展山水林田湖草综合体物质循环、表生过程及生态演变基础理论研究、污染控制与生态重构新技术方法应用基础研究，在国内率先建成以智能化为特色的“绿色三峡”理论技术体系，为以水为灵魂的长江中上游大保护及生态文明建设提供科学决策与理论支撑。 

　　实验室从认识问题的规律、分析问题的手段和方法、解决问题的技术与途径三个层面，设置三个相关研究方向为：(1)库区污染过程与防治;(2)河库水文过程与环境;(3)水库生态过程与重建。 

　　库区污染过程与防治：污染物在水库敏感区、典型区的多介质多尺度输移、转化规律，在水域种群、物种间迁移的生态过程及生态环境效应;结合现代信息技术、通信技术、水生生物信息学等技术，研究库区城镇及典型工业污染源的智能化控制关键技术原理、工艺及装备;研究水体修复与水源区保护大数据方法及生态调度的智能化技术。 

　　河库水文过程与环境：多尺度(全球、区域及流域)生态水文要素之间的相互作用、形成机制和制约生态系统格局及过程变化的水文学机理;气候变化驱动下的水文响应机理、径流变化下水库生源物质的迁移转化、通量变化的定量解析技术方法和生态环境效应;河流-水库-陆地物质输运的水文协同人为活动效应和模拟;流域模型开发、生态水文模拟的新技术和新方法以及径流适应性利用。 

　　水库生态过程与重建：水库生态系统景观格局、结构功能在河流-水库相态变化过程中的演变、响应反馈机制和环境效应;水库生态过程中各生态因子活动的驱动机制、演绎规律及作用效应;新生水库生态系统中能量流动转换过程、生源要素迁移转化过程及生态环境效应;水库过程中原生生态系统退化机制，新生生态系统演变的干预原理及技术以及退化生态系统恢复与重建方法。