研究生教育是中国科学院大学人才培养的主体，以科教融合为特色，以培养高层次、高素质创新创业人才为目标。截至2023年底，国科大重庆学院已经累计授予320名研究生硕士、博士学位。目前，在学研究生684余名，其中博士研究生约占37.2 %。

　　国科大研究生教育面向国家战略需求、面向世界科技前沿的大科学工程、服务社会各行业进步发展的丰富科研项目，各级重点实验室等科研平台及由院士、相关人才计划、杰青等高水平师资队伍，通过集中教学校区的课程教学和研究所科研实践的“两段式”培养模式，实施“统一招生、统一教育管理、统一学位授予”和“院所融合的领导体制、师资队伍、管理制度、培养体系”。中国科学院重庆绿色智能技术研究院学术学位研究生培养覆盖了理学、工学2个学科门类的4个博士一级学科、5个硕士一级学科；专业学位研究生培养覆盖了电子信息、材料与化工、资源与环境3个专业学位类别。国科大的研究生教育具有历史传承的科教融合的教育体系，为有志于从事科学研究的青年才俊成长成才提供了坚实基础和保障。